Geboren 1875 als Sohn eines Pfarrers, studierte er Medizin in Basel, nachdem er Archäologie abgebrochen hatte. Seine Dissertation schrieb er über Psychologie und Pathologie so genannter okkulter Phänomene. Danach, im Wintersemester 1902/1903, arbeitete er bei Pierre Janet in Paris. 1903 heiratete er Emma Rauschenbach.
Danach war er Volontärarzt bei Eugen Bleuler in der Heilanstalt Burghölzli. Hier machte er empirische Studien über die Schizophrenie und publizierte 1904 seine erste Arbeit (über Assoziations-Experimente). Ab 1905 war er Dozent für Psychiatrie an der Universität Zürich, gab aber 1909 seine Tätigkeit in Burghölzli wegen Zerwürfnissen mit Bleuler auf. Die erste Begegnung mit Freud fand 1907 statt. Fortan beschäftigte er sich mit Freuds Werk und Arbeit als Psychoanalytiker und wurde Redakteur des Internationalen Jahrbuch für psychologische und psychotherapeutische Forschung. Von 1910 bis 1914 war er Präsident der Internationalen Psychoanalytischen Vereinigung. 1912 erschien Jungs Buch Wandlungen und Symbole der Libido, wegen dem es zum Bruch mit Freud kam, da Jung darin Freuds Libidotheorie kritisierte.
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